הסיבוך הקשה ביותר במחלה זו והנדיר בין כל סיבוכיה הנו אנצפליטיס המופיעה באחד מכל 1000 חולים במחלה. סיבוך זה באם מופיע מתרחש כשבוע מפרוץ המחלה. המצב מאופיין בכאבי ראש קשים, חום, הקאות ישנוניות פרכוסים חוסר הכרה עד מוות. נזקים מוחיים מופיעים ברבע מהנפגעים. כ 15% מהנפגעים אינם שורדים מצב זה.
נתן לאבחן מצב זה בניקור מותני –  מוצאים תאים וחלבון. כמו כן ב  CT או MRI ניתן לראות את הנזקים. ב EEG רואים האטה כללית של הגלים המאפיינת זיהום מוחי.
סיבוך מאוחר ונדיר הנו סיבוך המכונה SSPE. מדובר בפגיעה דמוית אלצהיימר – דהיינו ספגת איטית ומתקדמת של המוח. הסינדרום מסתיים תוך תקופה לא ארוכה בהרס מוחי קשה , דמנציה מוחלטת ומוות. הסינדרום מתפתח בד"כ מספר שנים מסיום המחלה. לפני פיתוח החיסון ניתן היה לראות תופעות אילה באחד מכל 100.000 חולים. כיום הסינדרום נדיר ביותר בעולם המערבי וניתן לראותו בעיקר באפריקה.

האם ניתן למות מחצבת ?
בהחלט כן !! אחד מכל 1000 חולים נפטר או מאי ספיקה ריאתית בשל דלקת ראות קשה או מפגיעה מוחית קשה. רוב הנפטרים הם תינוקות.

אני בהריון וחליתי בחצבת מהם סיכויי העובר?
חצבת נחשבת לאחת המחלות שגורמות בשל המחלה הקשה ללידות מוקדמות או להפלות. המחלה עצמה לא פוגעת ישירות בעובר אך המחלה הקשה לאם פוגעת באופן עקיף לעובר.
אין ספק כי לפני כל היריון מתוכנן יש לעבור בתחנה לבריאות המשפחה עם פנקס חיסונים בכדי לוודא כי קיבלת את  כל החיסונים בייחוד את חיסוני הילדות (בייחוד לעולים חדשים שלא חוסנו בארץ)