הטיפול המחלת השעלת הוא טיפול אנטיביוטי. הטיפול חייב להיות מהיר ואגרסיבי. טיפול הבחירה כיום הוא עם אזניל (אזיטרומיצין ) ל 5 ימים. קיימות אנטיביוטיקות נוספות כמובן שהנן יעילות מאוד כנגד המחלה. משך הטיפול המקובל בתרופות אחרות הוא כשבועיים ימים. גם הטיפול במגעים קרובים הוא אנטיביוטי.
בתינוקות יש מקום לטיפול במרחיבי סמפונות בשל קוצר נשימה קשה היכול להתפתח.
הטיפול אינו משנה את חומרת המחלה אך הוא עוצר אותה ומונע את הדבקת מגעים קרובים.

החיסון
החיסון נגד שעלת ניתן בישראל מאז שנת 1957. מאז חודש מאי 2002 הוא ניתן במסגרת חיסון משולש (DTP): דיפתריה, טטנוס ושעלת. מדובר בגרסה חדשה יותר של החיסון הקודם, שלא נכלל בה החיידק המומת השלם, כפי שנעשה עד כה, אלא רק חלבונים של החיידק. החיסון החדש מכונה חיסון א-סלולארי.
החיסון נמצא בשימוש בכמה מדינות מפותחות, ואפשר לשלבו בחיסון נגד מחלת הפוליו ודלקת קרום המוח (חיסון מחומש). הוא ניתן בכמה מנות – בגיל חודשיים, בגיל ארבעה חודשים, בגיל חצי שנה ובגיל שנה.
החיסון בחיידק השעלת המומת עלול לגרום בין היתר לחום גבוה ולתופעות נוירולוגיות שונות,  והדעות חלוקות בעניין האפשרות של נזק מוחי קבוע בעקבותיו, אולם כאמור לעיל, בשנת 2002 הוכנס לשימוש חיסון חדש נגד שעלת, המיוצר בטכנולוגיה מתקדמת, ובחיסון זה נכללים  רק כמה מרכיבים חלבוניים של חיידק השעלת. לדברי פרופ' שמואל רשפון, ראש ועדת ההיגוי של המחלקה לאפידמיולוגיה במשרד הבריאות, שיעור המקרים של תופעות לוואי לחיסון החדש, כגון חום ואדמומיות, נמוך פי עשרה משיעורם בחיסון הרגיל.

תופעות לוואי לאחר החיסון
תופעות לוואי מהחיסון הישן יותר היו קשות וכללו:
1. תופעות לוואי מקומיות: כאבים, נפיחות מקומית
2. חום – עד 40 מעלות
3. פרכוסי חום
4. פרכוסים ללא חום
5. הקאות
6. שיתוקים מפגיעה מוחית גלובאלית – אחד ל 750000 הזרקות
7. מוות בעריסה (לא ברורה השכיחות היות והחיסון הוחלף)
8. מוות – אחד ל 5 מליון הזרקות
פרכוסי חום ואף נזקים מוחיים קבועים. תופעות לוואי מקומיות שכללו חום ואפילו תופעות הלוואי מהחיסון החדש – א-סלולארי ( DTPa  ) הינן מינוריות ושכיחותן נמוכה פי 10 מהחיסון הקודם. בשל תביעות משפטיות שהגיעו לבית המשפט העליון בשבתו כבית משפט לערעורים, הגיעה תביעה של משפחה שילדם חוסן בחיסון DTP ולאחריו התפתחה אצלו פגיעה מוחית קשה מסוג סינדרום על שם ווסט (פרכוסים ופגיעה מוחית קשה) הנזקים ממחלה זו הנם קשים מאוד וכוללים שיתוק מלא רפה ופיגור שכלי עמוק. בידי בית המשפט עמדו שתי דעות שונות האחת יוצגה ע"י משרד הבריאות ומומחיו שטענו כי שכיחות התופעות הנ"ל מאוד נמוכה וממולם עמדו מתנגדי החיסון (ארגון חוסן ונציגיו הרופאים) שטענו כי שכיחות התופעות הרבה יותר גבוהה ממה שאנו מודים. לאחר הקמת וועדת מומחים שדנה בנושא וקיבלה אף חוות דעת מכל העולם הגיע בית המשפע להחלטה ברורה וחד משמעית : שכיחות תופעות הלוואי הנ"ל 1 ל 500000 ילדים בחיסון הישן ואחד ל 5 מיליון בחיסון החדש. היות וטובת הכלל דוחה את טובת הפרט חיסון זה לא רק שלא ניפסל אלא הובררה יעילותו הרבה. אין כיום אפשרות לתבוע את משרד הבריאות על תופעות לוואי מחיסונים לאחר פסיקה חד משמעית זו.
 
לסיכום
השעלת מחלה שכיחה מאוד שסימניה לא מתאימים תמיד למה שלומדים בספרות. היא הייתה וממשיכה להיות מזהם קשה של מערכת הנשימה. חזרתה של מחלה זו לאזורינו ושינוי ניכר בסימפטומים הקליניים שלה מצריכים ניסיונות אבחון מוקדמים בכל חולה עם שיעול התקפי ממושך ובלתי פוסק.  השעלת שהייתה בעבר מחלת ילדות הנה כיום נחלתם של ילדים ומבוגרים כאחד. חיסוניות נמוכה של האוכלוסייה תורמת מאוד להתפרצות בכל שכבות הגילאים. במבוגרים המחלה קלה הרבה יותר מאשר בילדים ולכן קשה לאתרה. יש לבצע בכל מקרה חשוד משטח לוע, בדיקה סרולוגית ובדיקת PCR לאישור המחלה. חשוב מאוד לעדכן את משרד הבריאות בכל מקרה חדש של שעלת לשם חיסון וטיפול במגעים קרובים.
ניתן לראות כי משרד הבריאות נכנס להילוך גבוה בנושא השעלת היות ומשנת משנת 2000 חלה עלייה חדה מאוד במספר החולים כל שנה דבר שיחייב הערכת מצב מחודשת של משרד הבריאות ופעולה מיידית ברמה לאומית.