מבנה ווירוס השפעת
נגיף השפעת נראה כמו כדור העטוף ביתדות. היתדות עשויים מולקולות של החלבונים האנטיגנים Hemagglutinin ו- Neuraminidase . כאשר יתדות אלה הממוקמים ע"פ חזית הנגיף באים במגע עם התא הבריא אליו נצמד הנגיף, הוא מפריש מייד נוגדנים הנלחמים בנגיף הפולש. היות ולנגיף יש קומבינציות שונות של יתדות כאלה על פניו, מפרישה המערכת החיסונית חומרים כנגד כל סוג נגיף שהיא מאתרת. יתרה מכך, המערכת החיסונית "מתעדת" את הנגיף שהתקיף את התא כך במקרה של זיהוי חוזר של תוקף דומה תוכל המערכת החיסונית להגיב מיידית על הפלישה.

צילום במיקרוסקופ אלקטרוני של הווירוס
מוליקולת ההמאגלוטינין אינה יציבה ולכן היא משתנה כל הזמן ומחייבת גם את המערכת החיסונית להגיב על חותם הנגיף החדש. אבל כאמור כל עוד השינויים הם רק ביצירת עותקים זהים של המאגלוטינין מסוג הזזה קלה, עדיין שמורה למערכת החיסונית יכולת כלשהיא להתגונן ורובם של נפגעי השפעת ישובו לאיתנם. אבל אם מתבצע שינוי בהמאגלוטינין גופו, שינוי מסוג תנועה והחלפת מקום, אזי המצב מחמיר ועובר לכלל מגיפה עולמית המכונה פאנדמייה.
ישנם שלושה וירוסים שונים: אינפלואנזה A ,B ,C.
• הזנים A ו-B גורמים למחלה המערבת דרכי נשימה. הם מופיעים בכל חורף בדרגות משתנות.
זנים אלו גורמים לצורה הקשה יותר של שפעת והמאמצים לחסן ולמנוע מתמקדים
בזנים אלו. יחד עם זאת, לזנים אלו יש יכולת השתנות, כך שכמעט בכל שנה מופיעה ואריאציה
מעט שונה של הווירוס ולא תמיד החיסון יעיל כנגד אותה צורה מתחדשת.
• הזן C גורם למחלה קלה בדרכי הנשימה או שהוא חולף בצורה נטולת סימפטומים. השפעתו על בריאות הציבור אינה כה רחבה והוא אינו מופיע בכל שנה.
וירוס השפעת משתנה בתדירות גבוהה (עובר מוטציות רבות) וכך הוא מתחמק הן מן הזיכרון לטווח ארוך של מערכת החיסון משנים קודמות ולעיתים גם מן החיסון המיועד לאותה שנה ונועד לעצור את הזן החדש. תהליך ההדבקה והתחלואה די מובנה:
• אדם שנדבק בשפעת מפתח נוגדנים כנגד הווירוס.
• הווירוס עובר מוטציה (שינוי צורה גדול או קטן ).
• הנוגדנים כנגד הווירוס הקודם אינם מספקים הגנה כנגד הווירוס החדש.
• מופיעה הדבקה מחדש בעונה הבאה.
לעיתים המוטציה אינה מלאה והנוגדנים כנגד הווירוס הקודם' מספקים הגנה כלשהי, מכיוון שהמוטציה אינה משנה את כל מרכיבי הווירוס המושפעים מהחיסון.
כרגע קיימים בעולם שני זנים של קבוצה A וזן אחד של קבוצה B האחראיים לתחלואה בעולם. תת הקבוצות של וירוס מסוג A מסווגות על בסיס שני חלבונים בוירוס הנקראים המאגלוטינין (H) ונוירואמינידאז (N).
לכן בעולם המדע מוכרים הזנים הפעילים כעת בתור – H1N1 & H3N2.