סימני המחלה מופיעים אצל החולה כ – 48 שעות לאחר שנדבק מחולה שפעת אחר. היא מתחילה לרוב בצורה פתאומית ע"י צמרמורת, חום גבוה העולה עד 40 מעלות ואפילו יותר, כאבי ראש (מעל העיניים), שלשולים והקאות, כאבי גב ושרירים, בין הצלעות ובגפיים. הפנים אדומות והסומק מתפשט גם אל הצוואר והחזה. הפה יבש, הגרון כואב, האף בתחילה סתום, ולפעמים מדמם. קולו של החולה צרוד, בהתחלה מופיע שיעול קצר ויבש, ולאחר מכן הוא נעשה עוויתי – דמוי שיעול של שעלת. החם הגבוה נמשך 3 – 4 ימים. קורה שלאחר שהחם ירד ליום – יומיים, הוא שב ועולה ליומיים נוספים, מבלי שמהלך זה יבשר סיבוך במחלה.
כאשר לחולה יש חם הוא עייף, רדום לעיתים, והעייפות והתשישות נמשכות כמה ימים לאחר תם המחלה, גם באותם מקרים שהשפעת עוברת בצורה קל

סימפטומים שכיחים:
• חום, שעלול להיות גבוה
• כאב שרירים
• הרגשה כללית רעה ''בכל הגוף''
• כאבי ראש
• שיעול, לרוב יבש (לא פרודוקטיבי)
• כאבי גרון
• נזלת (בחלק מן המקרים)
• בחילה, לעיתים הקאה
• יציאות רכות
• חולשה ועייפות
משך המחלה הוא כשבוע במרבית האנשים, אבל החולשה והתשישות נמשכים עוד שבועות מספר.
כמו שניתן לראות רשימת הסימפטומים אינה ספציפית לשפעת. רק רופא הילדים יוכל למצות את ממצאי הבדיקה הגופנית וההיסטוריה שתוארה בפניו ולאבחן את המחלה.