השימוש בתרופות למניעה מומלץ במקרים הבאים:
• התפרצות שפעת בעיקר במוסד בו מתגוררים אנשים בסיכון גבוה, ובמיוחד כאשר יש ספק לגבי יעילות התרכיב עקב שינויים אנטיגניים בנגיף. יש להתחיל במתן הטיפול בהקדם האפשרי, כשיש חשד להתפרצות, לכל דיירי המוסד (כולל אלה שקיבלו חיסון נגד שפעת בעונה הקודמת) ולהמשיך בטיפול לאורך כל תקופת ההתפרצות ועוד שבוע אחד לאחר סיומה.
• אנשים בסיכון גבוה שחוסנו באיחור כאשר פעילות השפעת כבר החלה בקהילה. התרופות אינן מונעות יצירת נוגדנים לנגיף השפעת ומומלץ לתת במשך שבועיים נוספים לאחר מתן התרכיב (עד להתפתחות החסינות).
• השלמת ההגנה של אנשים אשר קיבלו חיסון נגד שפעת וידועים כמדוכאי חסינות. אין מידע על פעולות   הדדיות עם תרופות נגד זיהום HIV.
• אנשים הידועים כרגישים לחלבון ביצה ועלולים לפתח תופעות אנפילקטיות לחיסון.
• ניתן להשתמש בתרופות הנ"ל גם לטיפול באנשים מבוגרים בריאים הלוקים במחלה החשודה לשפעת בעת פעילות שפעת בקהילה, במטרה למנוע אצלם את סיבוכי המחלה וצמצום משך המחלה. את התרופה יש לתת תוך 24-48 שעות מהתחלת המחלה ולהמשיך עוד 48 שעות לאחר העלמות סימניה.

הטיפול יקבע ע"י רופא הילדים בהתבסס על:
• גיל הילד/ה, מצב הבריאות הכללי וההיסטוריה הרפואית.
• מפושטות המחלה וחומרתה.
• מידת ההיענות והסבילות של הילד/ה לטיפול תרופתי.
• הצפי לגבי מהלך המחלה מעת המפגש במרפאה.
• העדפות המשפחה והילד/ה.

הטיפול יכלול לרוב:
• תרופות המפחיתות כאב ומורידות חום. (יש להימנע משימוש באספירין).
• טיפול נוגד גודש לאף במקרי נזלת.
• מנוחה.
• שתייה מרובה.
• טיפול ספציפי במקרים מיוחדים.
כיום נמצאים בארסנל חברות התרופות והממסד הרפואי בעולם 4 תרופות לטיפול או למניעה (prophylaxis) של הדבקות בנגיף ה-influenza: שתי תרופות הוותיקות יותר שאושרו לשימוש עוד בשנת 1993, amantadine ו-rimantadine (שם מותג Flumadine), שייכות למשפחת תרופות המפריעות לנגיף שחדר לתא הפונדקאי בשלב העירום שלו, דהינו אותו שלב מאבד נגיף את המעטפת החיצונית שלו (uncoating) וחומצת הגרעין שלו מתחילה את תהליך שכפולה ליצירת נגיפי-בת רבים. שתי תרופות אלה יעילות רק כנגד הנגיף influenza A2, הזן ה"אסייתי", על ידי שהן נקשרות לחלבון הנגיפי M2, ובכך מפריעות להסרת מעטפת הנגיף לאחר חדירתו לתא. אך השימוש בשתי תרופות אלה מוגבל הן בשל מספר תופעות לוואי רעלניות ובפרט השפעתן על מערכת העצבים, וכן כיוון שהנגיפים המטופלים בתרופות אלה פיתחו עד מהרה עמידות כנגדן, והסתבר שהזנים העמידים שהם יציבים מבחינה גנטית ועלולים להיות מועברים בהדבקות מאדם לשני, והם פתוגניים באותה מידה כמו נגיף הבר, וגרוע מכך הם יכולים להמשיך והתרבות ולהיות מופרשים בנוזלי גוף של אותם מטופלים עם מערכת חיסונית פגומה או מוחלשת ובכך להפוך למקור מתמשך של הדבקות עם זן נגיפים עמיד לתרופות אלה. ההופעה של עמידות בנגיפים המטופלים בשתי תרופות ממשפחת ה-adamantanes, מגבילה אם כן את יעילות השימוש בהן.
שתי התרופות האחרות העומדות היום בחזית המאבק בנגיף ה-influenza הן zanzmivir (שם מותג Relenza) ו-oseltamivir (שם מותג Tamiflu) פועלות למעשה כמעכבות את פעולת האנזים neuraminidase, ובכך מפריעות לשחרור נגיפי שפעת מהתאים המודבקים, ובכך נמנעת התפשטות הנגיף והמחלה בדרכי הריאות. כיוון שההתרבות של נגיף השפעת בצינור הנשימה מגיעה לשיאה בין 24 ל-72 שעות מהופעת המחלה, שתי התרופות האחרונות הפועלות בשלב התרבות הנגיף, צריכות להינתן מוקדם ככל האפשר. בניגוד לשתי תרופות הותיקות, התרופות מהדור החדש שהן יקרות בהרבה מקודמותיהן, מעכבות neuraminidase, אינן גורמות לתופעות לוואי רעלניות ואינם מעודדות יצירת נגיפי-שפעת עמידים להן. אך החשוב מכל היא תכונת שתי התרופות האחרונות לגלות יעילות כנגד כל זני נגיף השפעת בכך שהן מעכבות פעילות אנזים העומדת ביסוד ההדבקה וההתפשטות של כל נגיפי influenza. תכשיר Relenza מגיע בצורת אבקה המוחדרת בעזרת משאף, ואילו Tamiflu כטבליות לבליעה. גם יעילות הטיפול בשתי תרופות אלה רבה יותר ככל שמקדימים בו.
ניסוי משנת 2003 עם Tamiflu בקרב 1,426 חולי שפעת הראה שכאשר הטיפול החל 12 מתחילת התסמינים קיצר את מהלך המחלה ביותר משלושה ימים, ולעומתו טיפול באותה תרופה שהחל בין 36-48 מתחילת התסמינים הראה יעילות מופחתת בהרבה. מה יעילותן של שתי התרופות האחרונות בהפחתת סבל או אף תמותה בקרב קשישים? סקירה של ניסויים קליניים שנערכו לפני שנת 2002 בקרב קשישים מעל גיל 65 שנה או אלה עם מצבים קליניים כרוניים, הראו ש Relenza הפחיתה את פרק הזמן עד להיעלמות התסמינים ביומיים, אם כי Tamiflu היה יעיל פחות ובממוצע קיצר את הזמן מתחילת הטיפול בו עד להתפוגגות התסמינים בחצי יום בלבד. ומה באשר לילדים? כאן דווקא מתהפכות היוצרות לגבי יעילות שתי התרופות האמורות: ניסוי קליני ב-471 ילדים בני 5 עד 12 שנה בהם ניתן הטיפול ב-Relenza , בין 36 עד 48 שעות מתחילת התסמינים, נמצא שתרופה זו קצרה את משך התסמינים ביום אחד בממוצע. לעומתה, טיפול ב-695 ילדים בגיל 1 עד 12 שנה ב-Tamiflu שהחל באותו פרק זמן מתחילת התסמינים כמו במקרה של Relenza, הביא לקיצור מהלך המחלה ב-1.5 ימים בממוצע. מה שמרשים יותר, שהטיפול בילדים עם שפעת ב-Tamiflu הפחית ב-44% את התרחשות דלקת חריפה של האוזן התיכונה  שהיא סיבוך שכיח בילדים עם שפעת.

מינונים
המינון בטיפול מלא בשפעת:
Amantadine – 100mg פעמיים ביום למשך 10 ימים.
Rimantadine - 100mg פעמיים ביום למשך 10 ימים.
Oseltamivir –75mg פעמיים ביום למשך 5 ימים.