במרכז  האוניברסיטאי לאפילפסיה, המשותף לפקולטה למדעי הבריאות באוניברסיטת בן-גוריון ולמרכז הרפואי סורוקה הוחל באחרונה בביצוע ניתוחים חדשניים לילדים חולי אפילפסיה אשר אינם מגיבים לתרופות. עד כה, בוצעו ניתוחים אלו בארץ בעיקר בקרב מבוגרים.

קיימים מספר סוגי ניתוחים שניתן לבצע על סמך נתונים אבחנתיים שנאספו על החולה.  ניתוח כריתה בו כורתים אזורים מסוימים באונה הרקתית, ניתוח ניתוק, במהלכו מנתקים את סיבי המוח מתחת לקרום המח וניתוח גירוי, בו משתילים קוצב לגירוי העצב התועה.

אפילפסיה הינה מחלה ששיעורה באוכלוסיה כ-7%, כאשר 70% מהחולים מגיבים לטיפול תרופתי ו-30% מהחולים ממשיכים לסבול מעוויתות למרות טיפול תרופתי. לחולים אלו יש קושי אובייקטיבי להסתדר בבית הספר, בבית, בעבודה ובסביבה. בנוסף, למרות שהם מתפקדים כילדים בריאים חלקם סובל מבעיות חברתיות ותדמית ירודה.  בחלק מהחולים קיימת אפשרות לטיפול ניתוחי שעיקרו זיהוי המוקד שגורם לעוויתות והסרתו תוך שמירה על תפקודי המוח. 70% מהחולים שנמצאו מתאימים לטיפול ניתוחי יחלימו מהמחלה. הוכח שילדים שנותחו הראו שיפור משמעותי בתפקוד היומיומי וזאת בהשוואה לילדים הנוטלים תרופות נוגדות עוויתות. האבחון והטיפול בחולי אפילפסיה אשר אינם מגיבים לטיפול תרופתי דורשים מעורבות של צוות רב תחומי מיומן המורכב מנוירולוג ילדים, נוירולוג מבוגרים, נוירו פיזיולוג, נוירו-רדיולוג, נוירו-פסיכולוג, נוירו-כירורג  אשר עבר הכשרה מיוחדת בתחום. המרכז המשרת חולי אפילפסיה באזור הנגב והדרום, עוסק במחקר,  באבחון וטיפול באפילפסיה לילדים ולמבוגרים. במסגרת המרכז מוצע טיפול ניתוחי במרכז הרפואי סורוקה לאילו שאינם מגיבים לתרופות, שירות שעד להקמת המרכז לא ניתן היה לקבל באזור הדרום.